為避免各個實驗區(qū)域間交叉污染的可能性，PCR實驗室應(yīng)采用全送全排的氣流組織形式。同時，要嚴格控制送、排風(fēng)的比例以保證各實驗區(qū)的壓力要求。采用機械通風(fēng)系統(tǒng)的實驗室緩沖區(qū)和核心工作區(qū)內(nèi)的送風(fēng)口和排風(fēng)口的布置應(yīng)符合定向氣流的原則，減少房間內(nèi)的渦流和氣流死角，排風(fēng)口應(yīng)設(shè)在室內(nèi)被污染風(fēng)險最高的區(qū)域，單向布置，不得有障礙，宜采用上送下排方式。

該實驗區(qū)主要進行的操作為貯存試劑的制備、試劑的分裝和主反應(yīng)混合液的制備。試劑和用于標本制作的材料應(yīng)直接運送至該區(qū)，不得經(jīng)過其他區(qū)域。試劑原材料必須貯存在本區(qū)內(nèi)，并在本區(qū)內(nèi)制備成所需的貯存試劑。

試劑準備區(qū)為正壓環(huán)境，壓力為5~10pa，可以保護試劑準備不受外界污染。

該區(qū)域主要進行的操作為標本的保存、核酸(RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴增反應(yīng)管和測定RNA時cDNA的合成。

標本制備區(qū)為負壓環(huán)境，壓力為-10pa，既可以保護人員不受有害氣溶膠感染，又可以保護樣本不受外界污染，還可以保護樣本之間不產(chǎn)生交叉感染。另外，由于在操作中可能會發(fā)生氣溶膠所致的污染，應(yīng)避免在本區(qū)內(nèi)不必要的走動。

該區(qū)域主要進行的操作為DNA或cDNA擴增。此外，已制備的DNA模板和合成的cDNA(來自標本制備區(qū)) 的加入和主反應(yīng)混合液(來自試劑準備區(qū)) 制備成反應(yīng)混合液等也可在本區(qū)內(nèi)進行。

擴增區(qū)為負壓環(huán)境，壓力為-15pa。為避免氣溶膠所致的污染，應(yīng)盡量減少在本區(qū)內(nèi)不必要的走動。個別操作如加樣等應(yīng)在超凈臺內(nèi)進行。

該區(qū)域主要進行的操作為擴增片段的測定。本區(qū)是最主要的擴增產(chǎn)物污染來源，應(yīng)為負壓環(huán)境，壓力為-20pa，以避免擴增產(chǎn)物從本區(qū)擴散至其它區(qū)域。