為避免各個實驗區域間交叉污染的可能性，PCR實驗室應采用全送全排的氣流組織形式。同時，要嚴格控制送、排風的比例以保證各實驗區的壓力要求。采用機械通風系統的實驗室緩沖區和核心工作區內的送風口和排風口的布置應符合定向氣流的原則，減少房間內的渦流和氣流死角，排風口應設在室內被污染風險最高的區域，單向布置，不得有障礙，宜采用上送下排方式。
該實驗區主要進行的操作為貯存試劑的制備、試劑的分裝和主反應混合液的制備。試劑和用于標本制作的材料應直接運送至該區，不得經過其他區域。試劑原材料必須貯存在本區內，并在本區內制備成所需的貯存試劑。
試劑準備區為正壓環境，壓力為5~10pa，可以保護試劑準備不受外界污染。
該區域主要進行的操作為標本的保存、核酸(RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴增反應管和測定RNA時cDNA的合成。
標本制備區為負壓環境，壓力為-10pa，既可以保護人員不受有害氣溶膠感染，又可以保護樣本不受外界污染，還可以保護樣本之間不產生交叉感染。另外，由于在操作中可能會發生氣溶膠所致的污染，應避免在本區內不必要的走動。
該區域主要進行的操作為DNA或cDNA擴增。此外，已制備的DNA模板和合成的cDNA(來自標本制備區) 的加入和主反應混合液(來自試劑準備區) 制備成反應混合液等也可在本區內進行。
擴增區為負壓環境，壓力為-15pa。為避免氣溶膠所致的污染，應盡量減少在本區內不必要的走動。個別操作如加樣等應在超凈臺內進行。
該區域主要進行的操作為擴增片段的測定。本區是最主要的擴增產物污染來源，應為負壓環境，壓力為-20pa，以避免擴增產物從本區擴散至其它區域。
